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cicRNA測序

circRNA(circular RNA)是一類特殊的RNA,廣泛存在與動物和植物中的。特殊的環(huán)狀結構使其能夠逃逸RNA酶的降解,很好的體內穩(wěn)定性,cicRNA測序通過去除rRNA同時去除線性RNA的鏈特異性文庫可一次性獲得單堿基分辨率的circRNA序列信息。依托強大的生物信息分析平臺,可鑒定已知circRNA,并預測新的circRNA及其靶標。

技術優(yōu)勢

 · 周期短,通量高,信息全,性價比高;

 · 可以獲得詳細的circRNA信息,實現深層次的circRNA分析;

 · 除了可以對已知circRNA鑒定外,還可以鑒定未知功能的circRNA,預測新的circRNA及其靶標。

 

服務流程

樣本要求

樣本類型

樣本要求

保存及運輸條件

說明內容

新鮮組織

新鮮組織標本(腫瘤樣本在術后30分鐘內取得)≥50 mg(黃豆粒大小)可采用以下方法:

1.RNAlater:尤其適用于腫瘤組織,離體后于冰上快速切成小塊,組織塊直徑最好介于1-5 mm(小米至綠豆大?。菰?倍體積的RNAlater中,充分浸潤(最好4℃過夜,以保證浸潤效果),-80℃保存;如果是腫瘤樣本,應盡可能準確地判定腫瘤組織和正常組織。

2.TRIzol:在冰上快速分成小塊,組織塊直徑最好不大于5 mm(綠豆大?。┙萦赥RIzol中,凍存管或者離心管封口膜封好后送樣。

3.液氮:離體后液氮速凍充分,預冷凍存管,將組織轉移至凍存管中,液氮可長期保存。

干冰運輸

建議樣本備份1-2份,收樣后立即提取。

細胞

提取mRNA需細胞數量>5×106個,lncRNA需>1×107個。

1.懸浮細胞收集用PBS緩沖液快速洗一次,每5×106個細胞加入1 mL TRIzol,用移液器吹散,溶液呈清亮不粘稠狀;-80℃保存不超過1個月;

2.貼壁細胞需將培養(yǎng)基盡量吸棄;按每10 cm2培養(yǎng)面積(相當于六孔板一個孔或35 mm直徑培養(yǎng)皿)加1 mL TRIzol;移液器反復吹打,使TRIzol完全接觸長有細胞的培養(yǎng)瓶表面,充分消化;轉移到RNase-free的離心管中,用一次性注射器反復吹打細胞直至看不見成團的細胞塊,整個溶液呈清亮不粘稠狀,-80℃保存

干冰運輸

建議樣本備份1-2份,收樣后立即提取。

外周血(RNA

1.TRIzol:15 mL管中加入6 mL TRIzol和2 mL新鮮血液(TRIzol:血液=3:1),移液器吹打以幫助裂解樣品中的細胞;樣品劇烈震蕩混勻1-2 min,直到絮狀物全部溶解;室溫孵育5 min使核蛋白體完全分解;封口膜封存,-80℃凍存。注意:冰凍血液溶解過程中會有破碎的細胞釋放RNA酶,因此建議在冰凍前加入TRIzol,切勿直接凍存新鮮血液,保存好的血液應避免反復凍融。離心得到白細胞或有核細胞,可加TRIzol,-80℃保存,干冰運輸。

2.BD PAXgene Blood RNA Tube:人類血液樣本推薦使用,采集量為2mL左右,18-25℃可保存3天,2-8℃可保存5天,-20℃或-70℃至少可穩(wěn)定50個月。

3.使用RNAlock血液RNA穩(wěn)定劑保存,新鮮抗凝血液:血液RNA穩(wěn)定劑=1:3,蓋上管蓋,上下顛倒混勻8-10次。室溫放置2h以上后低溫保存;含有血液RNA穩(wěn)定劑的人血液樣品可在2-8℃保存5天,或在-20℃條件下至少保存三個月;含有血液RNA穩(wěn)定劑的哺乳動物血液樣品可在15-25℃保存2天,2-8℃保存7天,或在-20℃條件下至少保存六個月。

TRIzol保存法需干冰運輸;BD PAXgene Blood RNA Tube 保存法可使用足量冰袋,用泡沫箱運輸

 

Total

RNA

總RNA溶解于DEPC水或者RNase-free的緩沖液中??偭?ge;2 μg;純度OD260/280≥2.0;完整性RIN≥8.0;濃度≥100 ng/μL。

使用1.5 mL或2 mL離心管盛放,用parafilm封口膜密封,然后將樣本管置于保護用的50 mL離心管或其他類似容器里,并旋緊蓋子。使用足量冰袋,用泡沫箱運輸。

 
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