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全基因組測(cè)序

全基因組測(cè)序(WGS)是全面分析基因組的方法??扇鎾呙杌蚪M上的變異信息,一次性挖掘大量的生物標(biāo)記物,已被廣泛應(yīng)用于疾病、癌癥的基因組研究。

技術(shù)優(yōu)勢(shì)

·準(zhǔn)確性高、可重復(fù)性好、定位切確

·快速、有效地讀取高質(zhì)量測(cè)序數(shù)據(jù),高水平專業(yè)的生信分析

·可以廣泛應(yīng)用于變異檢測(cè)、遺傳圖譜構(gòu)建、功能基因挖掘、群體進(jìn)化、育種品種的研究并提供科學(xué)依據(jù)

服務(wù)流程

樣本要求

樣本類型

樣本要求

保存及運(yùn)輸條件

說(shuō)明內(nèi)容

新鮮組織

1.新鮮組織標(biāo)本(腫瘤樣本在術(shù)后 30分鐘內(nèi)取得)≥50mg(黃豆粒大?。?,-80℃直接長(zhǎng)期凍存,-20℃可保存2-3個(gè)月。

2.穿刺樣本:腫瘤組織長(zhǎng)度≥1 cm,2-3條;所有新鮮組織標(biāo)本要求未壞死腫瘤組織比例在70%以上;必須首先進(jìn)行常規(guī)病理診斷,可于-80℃直接長(zhǎng)期凍存,-20℃可保存2-3個(gè)月 。

干冰運(yùn)輸

 

白片/蠟卷

1.切片厚度3-5 μm,5-10張(組織≥1×1 cm2 )或10-20張(組織<1×1 cm2)切片;白片置于切片盒中。

2.蠟卷:直接置于1.5 mL無(wú)菌離心管中。

常溫保存和運(yùn)輸

 

蠟卷應(yīng)保證組織含量充足;盡量送檢一年以內(nèi)的石蠟標(biāo)本。

外周血(DNA

1.EDTA抗凝管采集(紫色):4-5 mL靜脈血,4℃保存,4-6小時(shí)內(nèi)分離血漿,分離后血漿不少于2 mL。

2.Streck管采集樣本:4-5 mL靜脈血,常溫可存儲(chǔ)72 h,分離后血漿不少于2 mL。

1.EDTA 抗凝管采集的血液,經(jīng)分離血漿后,48 h內(nèi)送達(dá),可使用足量冰袋,用泡沫箱運(yùn)輸;超過(guò)48 h,使用干冰運(yùn)輸。2.Streck管采集的血液,72 h內(nèi)送達(dá),常溫運(yùn)輸,注意避免劇烈震蕩。

收樣后立刻提取或-80℃暫存。

外周血(cfDNA

1.EDTA抗凝管采集(紫色):4-5 mL靜脈血;4℃保存,4-6小時(shí)內(nèi)分離血漿,分離后血漿不少于原體積一半;分離后的血漿在-20℃冰箱最多可保存一周。

2.Streck管:4-5 mL靜脈血,分離后血漿不少于原體積一半,常溫可存儲(chǔ)72 h。

1.EDTA抗凝管采集的血液,經(jīng)分離血漿后,48 h內(nèi)送達(dá),可使用足量冰袋,用泡沫箱運(yùn)輸;超過(guò)48 h,使用干冰運(yùn)輸。2.Streck管采集的血液,72 h內(nèi)送達(dá),常溫運(yùn)輸,注意避免劇烈震蕩。

收樣后立刻提取。

gDNA

基因組DNA用TE溶解;總量≥500 ng (采用HiSeq X平臺(tái))或≥2 μg (采用HiSeq2000/2500平臺(tái));純度OD260/280在1.8-2.0之間;濃度≥50 ng/μL。DNA完整無(wú)降解,無(wú) RNA、蛋白質(zhì)等污染。

使用 1.5 mL或2 mL離心管盛放,用parafilm封口膜密封,然后將樣本管置于保護(hù)用的50 mL離心管或其他類似容器里,并旋緊蓋子。使用足量冰袋,用泡沫箱運(yùn)輸。

某些種類植物DNA 樣本需要專門去除多糖。

 

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